Shuffle! 10년 전 어느 날 유적에서 문이 해방되어 인간계에 신계, 마계가 등장한다. 시간이 지나 마계, 신계에 사는 자들이 점점 그곳을 떠나 인간계로 넘어오게 된다. 신도 악마도 될 수 있는 남자 츠지미 린. 그가 다니는 왕립 버베나 학교로 두 명의 전학생이 오게 된다. 학교에 전학 온 학생은 신계의 공주 리시안 사스와 마계의 공주 네리네! 이들은 모두 8년 전 만난 린을 잊지 못하고 린을 찾아온 것이었다. 게다가 그녀들은 린에게 놀랄 만한 소식을 전해주는데...